負債が残ってしまう場合は、清算手続ができません。破産手続をする必要があります。
ただ、負債の額が大きくない場合にわざわざ多額の費用をかけて破産手続をとるのは現実的ではありません。どのように対処するかはケースバイケースですので無料相談をご利用ください。